Urodził się w 1909 r. we Wrocławiu, gdzie ukończył seminarium duchowne. Zetknąwszy się z polskimi robotnikami sezonowymi postanowił nauczyć się języka polskiego. W latach 1930-1931 jako kleryk wyjechał do Krakowa i Lublina, gdzie ukończył kursy językowe. Po ukończeniu studiów we Wrocławiu i Fryburgu otrzymał święcenia kapłańskiej (1934 r.). Działał w małej polskiej parafii w kościele św. Marcina we Wrocławiu, a także wśród polskich robotników sezonowych.
W 1940 r. powierzono mu świeżo utworzoną parafię św. Bonifacego we wschodniej części Görlitz. Obok niemieckich parafian jego podopiecznymi zostali jeńcy ze Stalagu VIII A, m.in. polscy żołnierze. We wrześniu 1943 r. Franz Scholz wraz z parafianami postawił potajemnie nocą krzyż (stojący przed kościołem św. Bonifacego) w proteście przeciwko zbrodniom niemieckim w Polsce. Krzyż stoi w tym samym miejscu do dzisiaj, a widniejący na nim napis "Stat crux dum volvitur orbis" jest symbolem wartości chrześcijańskich aktualnych również obecnie.
W comiesięcznych mszach nadzorowanych przez gestapo uczęszczało także kilkuset polskich robotników przymusowych, a w 1944 r. po upadku powstania warszawskiego dołączyły do nich grupy wywiezionych mieszkańców stolicy. Po wojnie jego parafia znalazła się po polskiej stronie Nysy. Scholz, ze względu na zasługi dla Polaków w czasie wojny, mógł nadal pozostać jej proboszczem. Zaproponowano mu nawet przyjęcie polskiego obywatelstwa. Podjął pracę zarówno dla dawnych jak i nowych, polskich parafian. Wiosną 1946 r. sytuacja stawała się coraz trudniejsza. Komunistyczne władze nakazały mu, aby z okazji święta 1 maja odprawił uroczystą mszę z odpowiednio sformułowanym kazanie. Postanowił opuścić Zgorzelec, co uczynił 27.04.1946 r. Początkowo przebywał w Görlitz, a następnie w 1947 r. przeniósł się do zachodnich Niemiec. Poświęcił się pracy akademickiej. Wykładał teologię etyczną na uniwersytetach, m.in. w Augsburgu. Ostatnie lata spędza w Dieburgu, gdzie zmarł w 1998 r. Przez lata czynnie działał na rzecz pojednania Polaków i Niemców.
Niezwykła historia organów w kościele św. Bonifacego mówi wiele o dramatycznych dziejach Görlitz i Zgorzelca. Instrument pochodzi z synagogi w Görlitz. Po pogromach 1938 r. (noc kryształowa) gmina żydowska uległa likwidacji. Organy odkupił Kościół katolicki. Przekazane zostały do kościoła św. Bonifacego, który był wówczas kościołem garnizonowym. Po wojnie kościół znalazł się po polskiej stronie gdzie organy służą po dziś dzień. Wiele lat później, w trakcie remontu świątyni, między ścianą budynku a konfesjonałem odnaleziono dokumentację tego instrumentu.